申请水文设施工程乙级资质的办理流程大体上可以分为以下几个步骤：

前期准备阶段：

了解并掌握最新的水文设施工程乙级资质申报条件和标准，明确所需材料和资质要求。
收集企业基本信息，包括但不限于营业执照、税务登记证、组织机构代码证（如果是实行“三证合一”的，则只需提供加载统一社会信用代码的营业执照副本复印件）、公司章程、法定代表人身份证明等。
核实企业技术人员配置，确保符合乙级资质所要求的人员数量、职称、专业资格等条件，整理相关人员的学历证书、职称证书、注册工程师证书、劳动合同、社保缴纳证明等材料。
整理企业已完成的水文设施工程设计项目业绩，包括项目合同、设计报告、施工图、验收报告等全套资料。
资料编制与审核：

下载并认真填写《水文设施工程设计乙级资质申请表》，确保信息准确无误。
按照申报指南的要求，将企业基本信息、人员资料、工程业绩等材料整理齐全，并按照规定格式装订成册。
企业内部完成申报材料的初步审核，确保所有资料的真实性和完整性。
申报提交：

在指定时间内将申报材料提交至所在地区的水行政主管部门或者其指定的网上申报系统进行申报。
如果有要求，可能还需要在指定地点提交纸质版材料，并按要求支付相关费用。
专家评审与现场核查：

水行政主管部门收到申报材料后，通常会组织专家进行书面评审，必要时进行现场核查，评估企业的设计能力、技术水平、管理水平以及业绩质量等。
公示与审批：

经过专家评审通过的企业，其申报信息将在相关政府网站进行公示，接受社会监督。
公示期间无异议或者异议不成立的，水行政主管部门将做出审批决定，准予授予水文设施工程乙级资质。
领取资质证书：

在收到水行政主管部门的正式批准通知后，企业应按照规定的时间和地点领取水文设施工程乙级资质证书。

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