重庆申请排污许可证的具体流程如下：
1、向其生产经营场所所在地设区的市级以上地方人民政府生态环境主管部门申请。可以通过全国排污许可证管理信息平台提交排污许可证申请表，也可以通过信函等方式提交；
2、审批部门对收到的排污许可证申请，根据实际情况分别作出处理；
（1）依法不需要申请取得排污许可证的，即时告知不需要申请取得排污许可证；
（2）不属于审批部门职权范围的，即时作出不予受理的决定，并告知排污单位向有审批权的生态环境主管部门申请；
（3）申请材料存在可以当场更正的错误的，排污单位当场更正；
（4）申请材料不齐全或者不符合法定形式的，当场或者在3日内出具告知单，一次性告知排污单位需要补正的全部材料；逾期不告知的，自收到申请材料之日起即视为受理；
（5）属于审批部门职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者排污单位按照要求补正全部申请材料的，应当受理。
3、审批部门应当对排污单位提交的申请材料进行审查，并可以对排污单位的生产经营场所进行现场核查；
4、对具备相应条件的排污单位，颁发排污许可证。

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