商业特许经营备案的办理流程主要包括提交材料和办理程序两个步骤，以下是详细的流程介绍：

一、提交材料
公司资质证明：
公司营业执照副本和年检证明原件及复印件，或其他主体资格证明文件原件及复印件。外资公司还应提交外资公司批准证书副本原件、复印件。注册公司营业执照登记事项发生变更的，应提交工商行政主管部门出具的工商登记变更证明。
经营资源证明：
与公司从事特许经营业务相符的商标权、企业标志、专利权、专有技术等经营资源的注册证书原件及复印件。如注册商标、专利、企业标志、专有技术等经营资源已由相关部门受理中的，需提交受理通知书原件及复印件；如注册商标、专利、其他经营资源是他人授权使用的，需提交具有法律效力的许可使用授权书原件及复印件。
批准文件：
国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件的原件及复印件。
法定代表人身份证明：
注册公司法定代表人身份证原件、复印件；法定代表人系港、澳、台地区居民，应提交港、澳、台通行证；法定代表人系外国公民的，应提交法定代表人护照及翻译件（翻译件应加盖中国大陆境内有资质的翻译公司公章，并附翻译公司营业执照副本复印件）。
授权委托书：
公司委托其员工办理备案的，应提交授权委托书（委托书应写明受托人姓名、身份证号、委托事项、委托书有效期限，并由委托人签字盖章）原件、受托人的身份证原件及复印件。
特许人委托服务机构进行备案的，须同时提交授权委托书原件、受托服务机构资质证书原件及复印件、指定承办人身份证原件及复印件，以及法律服务机构介绍信原件。
特许经营合同：
2007年5月1日前从事特许经营的特许人需提交特许人与本市的被特许人首次订立的特许经营合同原件及复印件；2007年5月1日后从事特许经营的，除特许人需提交首次订立的特许经营合同原件及复印件外，还应提交符合《商业特许经营条例》规定的证明文件的原件及复印件。
其他材料：
注册商业特许经营公司备案联系表、直营店铺分布情况表、加盟店铺分布情况表、特许人的市场计划书、经法定代表人签字盖章的特许人承诺书、特许经营合同样本（网上提交）、特许经营操作手册（网上提交）等。
二、办理程序
提交纸质材料：
特许人向接受窗口提交申请备案的纸质材料，以获得商业特许经营管理系统登录号和密码。
登录系统填报：
特许人获得登录号和密码后，登录商务部《商业特许经营信息管理系统》，按照系统要求准确、完整填报备案材料，填报完成后告知窗口部门。系统中要求提交的有关材料电子版文档，应上传原件的PDF格式扫描件。
审核与公告：
窗口部门将纸质材料送交审核部门，审核部门对特许人的纸质和系统上的备案资料进行审核。
对于符合规定的申请材料，自材料收到起10日内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统上予以公告，向特许人发放备案证明。
对于提交申请资料不完备的，要求申请人在7日内补充提交，补充齐全之日起10日内予以备案和公告，并向特许人发放备案证明。

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