在郑州新设企业并申请三类医疗器械经营许可证的整体代办流程，主要包括以下几个步骤：

‌1. 准备相关文件‌：

企业营业执照、公章、法人身份证等基本资料‌。
场地证明，如房本、购房合同、租房协议及房东身份证复印件，且场地建筑面积需100平以上（商用、办公、写字楼）‌。
人员资料，包括法人、质量负责人、验收员、销售员、仓管员、计算机管理员等的身份证和毕业证复印件，以及健康证明或体检表‌。
计算机进销存软件（需购买正版软件并开出发票）‌。
公司联系方式、座机号、邮箱等‌。
‌2. 提交申请‌：

将准备好的相关文件提交给郑州市市场监督管理局或相关行政部门，并按照其要求填写相关申请表格‌13。
‌3. 现场检查‌：

提交申请后，市场监督管理局或相关行政部门会对企业进行现场检查，以确保企业的经营条件和设备符合相关法规要求‌。
‌4. 审核与批准‌：

在现场检查通过后，企业会收到市场监督管理局或相关行政部门的审核通过通知，之后即可领取三类医疗器械经营许可证‌。
整个代办过程可能需要一定的时间和精力，且具体流程和要求可能根据郑州市市场监督管理局或相关行政部门的规定而有所变化。因此，建议在办理前咨询专业的代理机构或相关部门，以确保流程的顺利进行。同时，选择经验丰富的代理机构可以大大提高办理效率和成功率‌

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